Zacznij od porządków czyli postaw Windowsa na świeżo. Potem sterowniki, DCS oraz defragmentacja.. Objawy które opisałeś pasują. Na tym etapie nie szukał bym usterek fizycznych. Kolejną sprawą są programy antywirusowe, te mogą takie rzeczy też powodować i ogólnie rzecz ujmując to co masz w tle uruchomione.
W transferze twojego dysku bym specjalnie nie doszukiwał się problemów, bo wygląda na prawidłowy. U mnie dwa dyski jednotalerzowe w RAID 0 na ICH10R maksymalnie wyciągają 170-180MB/s, średnio 130MB/s, minimalnie 90MB/s (sprawdzane HDTune). Zakładając, że masz SATA II to z tych 150MB/s co podaje producent myślę, że realna realna wydajność będzie na poziomie połowy z tego.
Gdy to zawiedzie wtedy dokup sobie RAMu, bo ten jest banalnie tani w tej chwili (DDR3). Oczywiście nie wykluczone, że twój dysk powoli zaczyna umierać i stąd takie zaciachy się pojawiają ale to trzeba stwierdzić. Można przyjrzeć się co mówi o dysku S.M.A.R.T. i pomału eliminować. tak czy siak świeży system Ci jest do tego potrzebny.
