Komendy repair i cleanup działają tylko i wyłącznie na katalogu z grą, w ogóle nie dotykają lokalizacji Saved Games'owej. Tak samo reinstalacja modułu lub gry zresztą. Nie ma zatem co ich odpalać, bo i tak tutaj akurat nie pomogą.
DCS stabilny i Open Beta tworzą sobie oddzielne katalogi z ustawieniami w Saved Games'ach, można je kopiować z jednego do drugiego, jeśli coś się popsuło w jednym z nich. Jeśli jednak obie Twoje kopie gry to były wersje stabilne, albo Open Bety, to może i rzeczywiście korzystały z tego samego katalogu z ustawieniami, i jeśli zrobiłeś "Clear All" to pozamiatałeś wszystko.
No ale takie rzeczy jak mysz i podstawowe klawisze w menu powinny działać tak czy owak, jeśli nawet one nie reagują, to obstawiam problem poza DCS-em. Na razie przenieś sobie wszystko z Saved Games / Config / w bezpieczne miejsce, pozwól grze zbudować ten katalog od nowa i zobacz czy wtedy działa choćby na ustawieniach domyślnych.