To najprawdopodobniej jest jakiś bug mesha FSXowego. Siatka wysokościowa jest generowana z automatu, takich błędów w FSie jest mnóstwo, zresztą nie tylko w nim, w DCS też, a w clodo znalazłem nawet dziurę w klifie przez który widać co jest pod terenem

Nie znam się za bardzo na tworzeniu scenerii, ale wydaje mi się, że powinno dać się to usunąć przez stworzenie water polygona obejmującego zasięgiem okolice wyspy i ustawienie wszystkim jego punktom wysokości 0m npm. Pamiętaj, by nadać polygonowi taki sam waterclass jak okolicznemu oceanowi.
Przyznam, że zgaduję tutaj, nigdy nie robiłem nic takiego, ale wydaje się to dość logiczne.